O Monte ACE organiza a sua atividade em unidades de trabalho identificadas por 2 grandes Áreas de atuação (Cooperação para o Desenvolvimento e Animação do Território), subdivididos em 6 unidades operacionais (Cooperação para o desenvolvimento, Apoio ao Investimento (DLBC/Abordagem Leader), Redes para o Desenvolvimento, Inovação social, Emprego e Capacitação e Comunicação)